Thông tư này áp dụng đối với tổ chức, cá nhân khai thác, thu mua, chế biến, xuất khẩu và nhập khẩu thủy sản khai thác để chế biến xuất khẩu vào thị trường có yêu cầu chứng nhận thủy sản khai thác.
Theo đó, trong thời gian không quá 2 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ của chủ hàng, cơ quan thẩm quyền xem xét hồ sơ, kiểm tra thông tin trong giấy chứng nhận thủy sản khai thác và thực hiện chứng nhận khi lô hàng có nội dung đúng với kê khai trong giấy chứng nhận thủy sản khai thác; không chứng nhận khi lô hàng có nội dung không đúng với kê khai trong hồ sơ hoặc sử dụng nguyên liệu từ tàu cá nằm trong danh sách tàu cá khai thác bất hợp pháp.